Theo NAFIQAD, để đạt được hiệu quả cần xác định được đối tượng trọng tâm để tiến hành kiểm tra một cách có hệ thống. NAFIQAD cũng kiến nghị cần giảm bớt sự chồng chéo giữa các Bộ, ngành trong công tác quản lý chất lượng an toàn thực phẩm; đối với một đối tượng sản xuất, kinh doanh chỉ chịu quản lý của một cơ quan chức năng. Hiện giữa các Bộ vẫn còn chồng chéo trong một số khâu như kiểm tra, chứng nhận cơ sở chế biến thực phẩm nguy cơ cao; kiểm soát thực phẩm nhập khẩu... Trong khi đó, việc kiểm tra ATVSTP đối với rau, quả, thịt tươi sống ngoại nhập được đánh giá là rất khó khăn do đặc tính dễ hỏng của sản phẩm, cũng như cơ sở vật chất ở cửa khẩu còn hạn chế, khó kiểm soát được tình trạng nhập khẩu qua đường tiểu ngạch.

Kết quả điều tra mới đây của Cục Chăn nuôi cho thấy vẫn còn 55% số lượng các cơ sở giết mổ hoạt động chui khi chưa được cấp phép, hơn 16.000 cơ sở giết mổ nhỏ lẻ không đảm bảo ATVSTP. Kết quả giám sát của NAFIQAD trong 6 tháng đầu năm 2009 xác định vẫn còn một lượng nhỏ thịt lợn, gà, vịt còn tồn dư lượng kháng sinh vượt ngưỡng cho phép. Đối với 39 mẫu rau tại các chợ trên địa bàn Hà Nội, phát hiện 4 mẫu có dư lượng thuốc bảo vệ thực vật vượt mức cho phép./.