Năng lực sản xuất chế biến nhiều mặt hàng như nông sản, thuỷ sản… còn hạn chế. Đối với nhóm mặt hàng nông-lâm-thuỷ sản, đây là những mặt hàng mới chỉ qua sơ chế nên giá trị gia tăng thấp, nên dễ chịu tác động của hiện tượng “giá cánh kéo” và sự biến động giá cả các sản phẩm này trên thị trường thế giới. Các sản phẩm nông sản của ViêệtNam chưa đa dạng, còn đơn điệu về chủng loại, vẫn còn ít hàm lượng công nghệ nên chất lượng chưa cao (kể cả về mặt vệ sinh an toàn thực phẩm), sức cạnh tranh còn yếu, lại phải đối mặt với những rào cản thương mại mới. Đây là một thách thức lớn đối với hàng hoá xuất khẩu loại này của Việt Nam.